SJK (C) Ken Boon, Kukup Laut ditubuhkan pada 16.10.1926 oleh mendiang Yap Yau Ping, mendiang Goh Yong Sai, mendiang Lau Tat Nan, mendiang Tan Kuang Shu mendiang Liau Kuang, mendiang Ng Ying, mendiang Tan Kian Hoe, mendiang Tan Siang Shou, mendiang Ong Mingk Lou dan mendiang Tan Mian Ying.  Mereka sebagai tokoh masyarakat tempatan berpendapat bahawa pendidikan adalah satu warisan yang harus diturunkan kepada generasi baru khususnya dalam sebuah kampung nelayan.  Maka sebuah rumah atap digunakan sebagai bangunan sekolah.  Guru Besar pada masa itu ialah En. Tan Chee Kee dan enrolmen murid pada masa itu adalah seramai 18 orang sahaja.

Tidak lama lagi, bangunan sekolah dipindah ke tempat sekarang.   kemudian pada tahun 1948, Jemaah Pengurus telah membelanjakan RM 10,000 untuk membina dua buah bilik darjah papan.  Pada tahun 1950, tapak permainan dibina dan seterusnya pada tahun 1957, Jemaah Pengurus sekolah telah menambah 2 buah bilik darjah dengan perbelanjaan sebanyak RM 10,000.

Pada tahun 1968, Kementerian Pendidikan Malaysia telah memperuntukan sebanyak RM 22,000 untuk membina 2 bilik darjah dan sebuah Pejabat Sekolah YAB Menteri Besar Johor pula memperuntukan RM 7,000  untuk membina sebuah tapak permainan pada tahun 1972. Pada tahun 1978, YB Menteri Kampung Baru dan Perumahan telah memberi peruntukan sebanyak RM 20,000 untuk kerja-kerja pembinaan dewan sekolah dan meluaskan tapak permainan.

Perpustakaan sekolah telah dibina pada tahun 1977 dengan perbelanjaan sebanyak RM 3,500. Kantin sekolah pula siap dibina pada tahun 1982.  Sekolah ini adalah jenis rumah panggung yang terdiri di atas paya di pinggir laut.

Pada tahun 1993, sebuah bilik komputer berhawa dingin yang dilengkapkan dengan 6 buah komputer jenis IBM Compatible telah dibina.  Sebuah bilaik pusat sumber dan kantin baru juga dibina pada tahun yang sama.  Pada tahun 1994, sebuah perpustakaan yang baru dibina.  Pada tahun 1996, bilik darjah tahun 5 dan 6 dibaikpulih.

Pada masa sekarang , sekolah ini mempunyai 6 buah bilik darjah, sebuah bilik kemahiran hidup / makmal Sains, sebuah perpustakaan, sebuah dewan, sebuah Pejabat Guru Besar, sebuah pejabat Guru, sebuah pejabat Kerani, sebuah bilik mesyuarat, sebuah bilik komputer dan 6 buah tandas.